Логин:
Пароль:

Работа №2507
Название работы
Разработка молекулярных сигнатур аутоантител к аддуктам ДНК для ранней диагностики рака легкого
Автор работы
Кжышковска Юлия Георгиевна
Дата начала работы Дата окончания работы
2014-07-15 2016-12-31
Аннотация
Внедрение новых методов диагностики в сферу оказания специализированной медицинской помощи для увеличения результативности лечения и снижения смертности от онкологических заболеваний.На первом этапе работ результатом выполняемой работы станет теоретическое обоснование выбора направления исследования, которое будет включать обзор мировой научной литературы, сравнительную оценку возможных исследований. На этом этапе будет сформирован список маркеров, на которые будет сосредоточено исследование. Будет разработан протокол исследования, где будет описан дизайн исследования, обоснован его выбор, будут описаны критерии включения - невключения и исключения, будет описана методика забора, хранения и транспортировки клинического материала. Будет разработаны стандартные операционные процедуры (СОПы), которыми будут руководствоваться исследователи при выполнении исследования. Результаты патентных исследований позволят оценить патентную чистоту. Для анализа аддуктов ДНК будут разработаны и валидированы методики пробоподготовки и масс-спектрометрического анализа клинического материала. Для разработки методики будут исследованы образцы плазмы и ткани. Для анализа аутоантител к аддуктам ДНК будет применяться мультиплексный анализ. На этом этапе работ будут разработаны и валидированы методики пробоподготовки и анализа клинического материала. После валидации методик, где будут подтверждена их точность, селективность, воспроизводимость и т.д. будут исследованы образцы клинического материала, полученные в ходе многоцентрового исследования. Результаты анализа будут подвергнуты статистической обработке для выявления специфических биомаркеров для рака легкого. На основании этих данных будут сформированы сигнатуры. На этапе создания тест-системы будет получена эскизная конструкторская документация на макет тест-системы, проект инструкции по применению тест-системы. Макет тест-системы будет создан для проверки параметров пригодности тест-системы, которые будут проверены по разработанным программам и методикам испытаний. На последнем этапе работ будут разработаны технические требования и предложения по разработке, производству и эксплуатации продукции с учетом технологических возможностей и особенностей индустриального партнера и разработан проект технического задания на проведение НИОКР. Патентоспособными результатами данного проекта будут как диагностическая система в целом, так и отдельные ее элементы, а именно ДНК олигонуклеотдиы с аддуктами, применяемые для связывания аутоантител и антитела к аддуктам ДНК, используемые в качестве положительного контроля.
Тип НИР Источник финансирования Объем финансирования Вид работы
ФЦП 1004000 Министерство образования и науки Российской Федерации Фундаментальная
Промежуточный реферат №1
Объектом исследований являются аддукты ДНК и их аутоантитела, которые могут быть потенциальными биомаркерами рака легкого. Цель ПНИ: Разработать маркеры и их диагностически значимые комбинации (сигнатуры), включающие естественные антитела (аутоантитела) для диагностики онкологических заболеваний. В ходе работ, выполненных на втором этапе, были разработаны и валидированы следующие методики: методика пробоподготовки клинического материала для масс-спектрометрического исследования и методика масс-спектрометрического анализа аддуктов ДНК. Методика пробоподготовки клинического материала включает в себя выделение ДНК из плазмы крови колоночным методом, расщепление внДНК с помощью кислотного гидролиза и дальнейшую очистку и концентрирование аддуктов ДНК методом твердофазной экстракции. Дальнейший масс-спектрометрический анализ включает этапы разделения компонентов смеси методом высокоэффективной жидкостной хроматографии в обращено-фазовом режиме и последующее масс-спектрометрическое детектирование в режиме мониторинга множественных реакций. Данные методы были валидированы по следующим параметрам: специфичность; линейность; нижний и верхний пределы количественного определения; повторяемость; промежуточная прецизионность; правильность.
Инвентарный номер отчета (ИК): 215082870006 Дата регистрации ИК: 2015-08-28
Промежуточный реферат №2
Объектом исследований являются аддукты ДНК и их аутоантитела, которые могут быть потенциальными биомаркерами рака легкого. Цель ПНИ: Разработать маркеры и их диагностически значимые комбинации (сигнатуры), включающие естественные антитела (аутоантитела) для диагностики онкологических заболеваний. В ходе работ, выполненных на втором этапе, были разработаны и валидированы следующие методики: методика пробоподготовки клинического материала для масс-спектрометрического исследования и методика масс-спектрометрического анализа аддуктов ДНК. Методика пробоподготовки клинического материала включает в себя выделение ДНК из плазмы крови колоночным методом, расщепление внДНК с помощью кислотного гидролиза и дальнейшую очистку и концентрирование аддуктов ДНК методом твердофазной экстракции. Дальнейший масс-спектрометрический анализ включает этапы разделения компонентов смеси методом высокоэффективной жидкостной хроматографии в обращено-фазовом режиме и последующее масс-спектрометрическое детектирование в режиме мониторинга множественных реакций. Данные методы были валидированы по следующим параметрам: специфичность; линейность; нижний и верхний пределы количественного определения; повторяемость; промежуточная прецизионность; правильность.
Инвентарный номер отчета (ИК): 215122910011 Дата регистрации ИК: 2015-12-29
Промежуточный реферат №3
Объектом исследований являются аддукты ДНК и их аутоантитела, которые могут быть потенциальными биомаркерами рака легкого. Цель ПНИ: разработать маркеры и их диагностически значимые комбинации (сигнатуры), включающие естественные антитела (аутоантитела) для диагностики онкологических заболеваний. На третьем этапе работ были разработаны и валидированы следующие методики: методика пробоподготовки клинического материала для мультиплексного исследования и методика мультиплексного анализа аутоантител (биомаркеров рака легкого). Данные методы были валидированы в соответствии с рекомендациями и требованиями, предъявляемыми к клинико-диагностическим методам (CLIA, Clinical Laboratory Improvement Amendments) по следующим параметрам: воспроизводимость анализа, аналитическая чувствительность, линейность диапазона определяемых концентраций, достоверность определения концентрации антител в смешанных образцах сыворотки. Проведено многоцентровое исследование в ходе, которого были сформированы группы обследуемых: 50 больных раком легкого и 50 условно здоровых лиц. Проведен сбор клинического материала согласно стандартным операционным процедурам для сбора и хранения образцов биологического материала, а также для выделения и хранения ДНК, разработанных на 1 этапе выполнения проекта. У всех пациентов проведен забор образцов клинического материала - плазмы крови, и осуществлено выделение ДНК. Составлен компьютерный регистр клинико-патологических и лабораторных данных на пациентов. Представлены протоколы входного обследования добровольцев; протоколы забора образцов клинического материала. Были проведены дополнительные патентные исследования, общее количество отобранных документов по РФ за выбранный период составляет 51, за рубежом – 121 патент. Были отобраны ближайшие патенты, но результат проверки показал, что исследуемые объекты обладают патентной чистотой, и не подпадают под действие патентов на изобретения, полезные модели или промышленные образцы третьих лиц.
Инвентарный номер отчета (ИК): АААА-Б16- 216062960018-5 Дата регистрации ИК: 2016-06-29
Промежуточный реферат №4
Объектом исследований являются аддукты ДНК и их аутоантитела, которые могут быть потенциальными биомаркерами рака легкого. Цель ПНИ: разработать маркеры и их диагностически значимые комбинации (сигнатуры), включающие естественные антитела (аутоантитела) для диагностики онкологических заболеваний. На четвертом этапе работ был произведен анализ двухсот образцов, отобранных в ходе клинического исследования, методами масс-спектрометрического и мультиплексного анализов. Содержание аддуктов ДНК и аутоантител к ним было измерено в соответствии с методиками, разработанными на втором и третьем этапах реализации проекта. Образцы плазмы, для масс-спектрометрического исследования были подвергнуты выделению внеклеточной ДНК, ее гидролизу и очистке. Для мультиплексного исследования, образцы практически не подвергались пробоподготовке, для уменьшения потерь исследуемых аутоантител. Результаты исследования были проанализированы с помощью метода главных компонент, дискриминантного анализа при помощи проекции на латентные структуры, в том числе и ортогонального. Моделирование проводили в программном продукте SIMCA 14 и с использованием открытого программного кода R версии 3.3.0. Анализ данных показал необходимость введения дополнительных наблюдений (аддуктов ДНК) для увеличения статистической значимости модели. Был изготовлен экспериментальный образец макета тест-системы с использованием 3D печати. Разработана эскизная конструкторская документация на макет тест-системы, включающя чертеж общего вида и проект технических условий по ГОСТ 2.114. Был разработан проект инструкции по применению тест-системы, включающий инструкции по безопасной работе, протоколы подготовки реагентов и проведение измерений, с руководством по расчету результатов измерения, а также требованиями к условиям хранения и транспортировки. Был подготовлен лабораторный регламент изготовления макета тест-системы.
Инвентарный номер отчета (ИК): АААА-Б16- 216122750019-8 Дата регистрации ИК: 2016-12-27
Заказчик
Министерство образования и науки Российской Федерации, ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы», Мероприятие: Проведение исследований по направлениям создания научно-технологического задела
ГРНТИ УДК Инвентарный номер Госшифр Госконтракт Договор
76.03.02 ( МЕДИЦИНА И ЗДРАВООХРАНЕНИЕ. Медико-биологические дисциплины. Общие проблемы. )
61:57; 834831 14.575.21.0064
Ключевые слова
Рак легкого, биомаркер, аддукт ДНК, аутоантитела, ранняя диагностика, масс-спектрометрия, мультиплексный анализ
Предполагаемый результат работы
Отчет
Организации соисполнители
Государственный учет результатов НИОКР в БД РНТД Минобрнауки РФ
Получить полный доступ
Основание к регистрации темы (электронный вариант)
Только для служебного пользования
   
2007 © ОНТИ НУ ТГУ
E-mail: onti@sun.lib.tsu.ru
Тел: 52-76-99